Sebenarnya sejarah terbentuknya SEFARUAD ini sendiri masih belum di ketahui dengan jelas. Namun, menurut informasi yang terpercaya, SEFARUAD mulai resmi terbentuk pada pertengahan tahun 1999 dimana pada saat itu bapak Hendi Ristiono (1999-2000) terpilih sebagai manager. Beliau sekarang ini masih sering terlibat secara intens dengan SEFARUAD sebagai penasehat/pembimbing. Pada tahun 2000-2001, jabatan sebagai manager diserahkan kepada Mas Hasan. Kemudian pada tahun 2001-2002 posisi sebagai manager di pegang kembali oleh Bpk. Hendi Ristiono.
Tahun 2002-2004, SEFARUAD di manageri oleh mas Taufik.
Sebelum tahun 2005 dimana jabatan diegang oleh Mas Adam M. Ramadhan, prestasi-prestasi yang pernah ditorehkan oleh SEFARUAD belum begitu diketahui pasti dikarenakan sumber-sumber yang ada sudah tidak ada lagi atau tidak diketahui dengan pasti.
Pada tahun 2006, SEFARUAD mengikuti sejumlah kompetisi. Diantaranya adalah UGM Cup, dimana pada putaran ini SEFARUAD berhasil menduduki peringkat ke-3. Turnamen yang diseleggarakan KAMMI, SEFARUAD menduduki peringkat ke-3.
Bang Ozan (2006-2008), membuat beberapa perubahan dalam sistem managerial dalam SEFARUAD, sehingga SEFARUAD mampu menancapkan taring di beberapa kompetisi lokal baik di UAD sendiri maupun kompetisi diluar.
Robby Najini (2008-2010), sang arsitek yang berasal dari Kalimantan Barat ini pada awalnya kesulitan menangani tim ini karena perubahan pola permainan maupun yang menyebabkan beberapa kompetisi dilewatkan akibat kekalahan. Namun hal itu tidak bertahan lama, pada akhir 2008 SEFARUAD berhasil menduduki peringkat ke-2 di kompetisi Sanatadharma Cup dan beberapa kompetisi futsal. Namun yang sangat membanggakan adalah ketika SEFARUAD berhasil memenangkan gelar pertama pada UGM Cup dengan berhasil menyapu bersih semua piala. Dimulai dari Juara 1 UGM Cup; Pemain Terbaik; Top Skorer; dan Suporter terbaik. Pada masa ini SEFARUAD banyak sekali memenangkan kejuaraan-kejuaraan yang mampu mengangkat prestasi sepakbola Farmasi yang sempat tidak dikenal. Pola latihan dan managerial yang tepat sangat membantu beliau dalam memenangkan kejuaraan-kejuaraan tersebut.
Dan pada tahun 2010 ini, M. Isa Kustiyo ditunjuk sebagai manager baru SEFARUAD. Semoga beliau dapat memberikan dan semakin mengangkat nama SEFARUAD dan UAD di Jogjakarta. Tantangan pertama adalah dengan memenangkan Sanatadharma yang akan diadakan pada akhir Oktober 2010.
Sementara untuk perekrutan pemain dilakukan dengan cara mengikuti kegiatan Action/Ospek yang diadakan pihak kampus sebagai perkenalan organisasi internal kampus.
 |
| Hendy Ristiono |
 |
| Bang Ozan |
 |
| Robby Najini |
 |
| M. Isa Kustiyo |
